Kirkja sú er nú stendur að Ytri-Bægisá er standklædd timburkirkja. Hún var reist árið 1858 og vígð síðsumars það ár. Bægisárkirkja á margt góðra og gamalla bóka og merka gripi. Á Bægisá hafa setið ýmsir merkisprestar en þeirra þekktastur er án efa skáldið Jón Þorláksson (1744-1819). Hann þjónaði þessu prestakalli í 31 ár.